Ecuador, como signatario de la Convención sobre la Diversidad Biológica (CBD), se comprometió a cumplir las metas del Programa de Trabajo sobre Áreas Protegidas. Este programa incluye el establecimiento o consolidación de sistemas representativos e interconectados de áreas marinas protegidas que conserven adecuadamente la diversidad biológica de los ecosistemas marinos, así como también protejan zonas muy amenazadas o de gran valor. El análisis de vacíos, la identificación de áreas prioritarias para la conservación de la biodiversidad marino-costera y la priorización basada en criterios ecológicos, constituyen herramientas importantes para cumplir con esta meta de conservación.

El Instituto Nazca ha realizado dos proyectos de análisis de vacíos de conservación. El primero se enfocó en la Ecoregión Guayaquil como una iniciativa de Planificación en el Pacífico Tropical, y el segundo abarcó toda la plataforma continental de Ecuador.