El objetivo de este proyecto fue identificar sitios prioritarios para la conservación marina en la Ecoregión de Guayaquil. Fue un proyecto binacional (Ecuador-Perú) que se realizó con el auspicio de The Nature Conservancy (TNC) en el año 2004 y constituyó el primer esfuerzo sobre evaluaciones ecoregionales marinas en Sudamérica.

La Ecoregión Marina de Guayaquil se extiende desde los 0º de latitud hasta los 6º 15´ de latitud Sur y hasta el límite de la plataforma continental (200 m de profundidad). Tiene un área total de 3.236.617 hectáreas. Esta Ecoregión se caracteriza por la mezcla de diferentes masas de agua tropicales y subtropicales, formando una extensa zona de transición entre la provincia Panámica y la Peruana. Cuenta con una gran diversidad de ecosistemas marino-costeros, tales como arrecifes de coral, fondos rocosos, manglares, playas de arena, limo, costas rocosas y acantilados, entre otros.

El litoral de esta Ecoregión está densamente poblado y se ve afectado por una gran cantidad de actividades humanas. Entre las amenazas más importantes están la contaminación urbana e industrial, el turismo, y las actividades extractivas como la pesca y la tala de los manglares.

Para determinar los patrones de diversidad marina e identificar objetos de conservación en la Ecoregión de Guayaquil se estratificó y clasificó a la Ecoregión en varias Unidades Ecológicas Marinas (UEM). Cada una de estas unidades agrupa un conjunto de sistemas marino-costeros con patrones similares de temperatura, profundidad, aportes continentales y distribución de especies. Las UEM’s se subdividieron en sistemas intermareales y submareales. Los objetos de conservación incluyeron también áreas críticas para la reproducción, anidación y alimentación de aves y tortugas marinas, además de una extensa comunidad de algas verdes en la UEM Subtropical. Aunque el número total de especies marinas en la Ecoregión es todavía desconocido, 83 especies importantes fueron escogidas como objetos de conservación.

Se realizó un análisis geográfico de la aptitud para la conservación basado en la distribución geográfica de los objetos de conservación y sus amenazas (costo). Con este análisis se identificaron los sitios de conservación más alejados de las zonas con mayor impacto de actividades humanas. En base a la abundancia de los objetos de conservación dentro de la Ecoregión, se determinó una meta de conservación para cada uno y se identificaron las áreas prioritarias para la conservación mediante el programa SITES. Este programa escoge un portafolio de sitios que se acerca a un óptimo de bajo costo, un alto cumplimiento de metas, y una buena agrupación de unidades de análisis.

El portafolio resultante tiene 53 bloques distribuidos entre todas las unidades ecológicas marinas, cumple con la mayoría de las metas, y está concentrado en lugares de costo relativamente bajo. La mayoría de los objetos de conservación están representados en los 18 bloques de muy alta y alta prioridad.

Este estudio constituye un valioso aporte al conocimiento de la biodiversidad de los sistemas marino-costeros, la distribución espacial de las amenazas, y los vacíos de información y de conservación que existen en la Ecoregión.