La salud y el buen funcionamiento de los ecosistemas marino-costeros y la biodiversidad que éstos contienen están cada vez más amenazados por las actividades humanas. En Ecuador el 58% de la población humana está concentrada en los primeros 100 km a partir de la línea costera. Esta fuerte presión ha provocado la pérdida y destrucción de hábitats claves, la sobreexplotación de los recursos, contaminación y efectos muy negativos en los ciclos climáticos. Una herramienta importante para disminuir estas amenazas y contribuir al uso sustentable de los recursos marinos consiste en establecer Áreas Marinas Protegidas (AMP’s).

Un enfoque importante de las actividades que el Instituto Nazca realiza ha sido la investigación dentro de AMP’s. Se han realizado varios estudios ecológicos, cartográficos y de estrategias de manejo en varias AMP’s de Ecuador: